企劃組
企劃組職掌如下：
一、企劃
（一）畜牧產業發展政策之研擬、協調及督導。
（二）本會計畫方案與綜合性業務之研擬、策劃、彙辦及協調。
（三）本會業務計畫之審查、預算協調及進度督導。
（四）各項計畫提送各審議委員會審議。
（五）各項業務計畫期中檢討工作之發動、彙整及簽報。
（六）其他有關畜產企劃事項。
二、資訊
（一）國內外畜產相關資訊之蒐集、分析、研判、預警及發佈事項。
（二）本會各項資訊系統、國內畜牧資訊系統規劃與建立事項。
（三）電腦網路與網站經營管理、建置事項。
（四）畜產相關資訊之發行與服務事項。
（五）本會刊物發行事項。
（六）新聞聯繫事項。
（七）其他有關資訊事項。
三、研考
（一）本會業務計畫及政府補助（委辦）計畫之管制、考核事項。
（二）計畫經費支用情形追蹤及管制事項。
（三）其他有關追蹤、管制、考核與查證事項。
四、行銷
家畜組
家畜組職掌如下：
一、擬訂與實施家畜年度產銷調配計畫與因應措施事項。
二、協調與輔導家畜產銷團體有關控制飼養數量實施自主性供銷調節機制建立事項。
三、輔導家畜相關團體整合及組織運作事項。
四、輔導家畜產銷團體實施預約供應事項。
五、家畜產業團體與企業體有關廠農契約權益協調事項。
六、協調與輔導家畜產銷團體有關畜產品及畜牧資材進口及共同採購事項。
七、設置家畜產業服務費用制度及管理事項。
八、規劃與執行種畜改良、登錄、檢定、拍賣等事項。
九、研擬及執行家畜生產認證制度與優良畜產品品牌推廣事項。
十、規劃與執行種畜相關生物技術與資訊科技應用等事項。
十一、規劃與開發種畜國際市場。
十二、研擬及執行家畜生產安全檢查制度與藥物殘留追蹤監控暨認證畜產品查驗事項。
十三、研擬及執行家畜產品評級與計價事項。
十四、家畜保險制度規劃與建立。
十五、家畜審議委員會會議事項。
十六、其他有關家畜產銷業務或中央政府委託及補助事項。
家禽組
家禽組職掌如下：
一、擬訂與實施家禽年度產銷調配計畫與價格穩定措施事項。
二、協調與輔導家禽產銷團體年度計畫研提、彙整及追蹤事項。
三、協調與輔導家禽產銷團體有關飼養數量總量管理自主性供銷調節機制建立事項。
四、家禽產銷資訊研判及預警事項。
五、輔導家禽產銷團體整合及組織運作事項。
六、家禽產銷策略聯盟模式之建立及推廣事項。
七、家禽產業團體與企業體間合理利潤協調事項。
八、設置家禽產業服務費用制度及管理事項。
九、家禽生產認證制度及優良禽產品之推廣事項。
十、種禽進口及幼雛品質改良事項。
十一、家禽保健事項。
十二、協助種雞登記、登錄，穩定本土商用土雞性能。
十三、協助種禽業者加強疾病防疫與介卵傳染病之控制，提升雛禽品質。
十四、家禽產業結構調整之規劃與推動事項。
十五、家禽審議委員會會議事項。
十六、其他有關家禽產銷業務或中央政府委託及補助事項。
驗證組
驗證組職掌如下：
一、CAS優良農產品肉品類、蛋品類、乳品類及羽絨驗證事項。
二、產銷履歷、有機畜產品驗證事項。
三、增訂、增修或審查CAS肉品、蛋品、乳品、羽絨，產銷履歷及有機畜產品驗證等相關規範事項。
四、工廠、學校或團膳從業人員、消費者以及各縣市政府稽查員等教育訓練事項。
五、輔助廠商建立食品安全管制系統等事項。
六、輔導業者通過國外政府審查或相關機構驗證等事項。
七、消費者服務、客訴處理及提供問題解決方案等事項。
八、其他有關驗證業務或政府、相關團體委託及補助事項。
肉檢組
肉品檢查組職掌如下：
一、執行中央政府委託或補助計畫。
二、畜禽屠宰衛生檢查計畫之執行。
三、屠檢人員之招募、聘僱、解聘、差勤、休假、加班、調派支援、獎懲審議及訓練。
四、屠檢人員辦公室財產設備之管理及維護。
五、屠宰衛生檢查工具及物品之採購、保管及分配。
六、其他有關畜禽屠宰管理業務。
行政組
行政組職掌如下：
一、總務：
(一)董事會、監察人會會議事項。
(二)事務管理工作之擬議與執行事項。
(三)資產、設備、及辦公處所之管理事項。
(四)工程營繕及設備維護整修事項。
(五)物品採購、保管及分配事項。
(六)現金保管及出納事項。
(七)銀行往來及憑證保管事項。
(八)有價證券之保管事項。
(九)資金收支保管事項。
(十)公務車輛調度及保養。
(十一)公務車駕駛、技工、工友之管理。
(十二)公文收發、登記、用印、及分文事項。
(十三)公文稽催事項。
(十四)本會檔案之管理。
(十五)其他有關事務業務及交辦事項。
二、人事：
（一）人力資源各項管理制度之建立與修改擬議事項。
（二）人力資源管理之策劃擬議事項。
（三）人力資源教育訓練制度之策劃及執行事項。
（四）工作人員薪資福利制度之管理與執行事項。
（五）工作人員績效考核制度之管理與執行事項。
（六）工作人員召募之執行事項。
（七）編制員額、預算員額、及實際員額之管控事項。
（八）組織發展變革之企劃擬議事項。
（九）工作人員獎懲委員會和新進人員甄試委員會會議事項。
（十）人事行政業務之執行事項。
三、財會：
（一）年度預算彙編事項。
（二）預算控制事項。
（三）會計帳務處理及會計報表編制與保存事項。
（四）營運資金之有效運用事項。
（五）支出核准權限規定之辦法訂定事項。
（六）會計憑證之審核、保管事項。
（七）年度結算彙編及財務報告事項。
（八）其他有關財務及會計業務事項。
技術服務中心
技術服務中心職掌如下：
一、檢驗業務
（一） 農畜禽水產等產品藥物殘留檢驗分析事項。
（二） 農畜禽水產等產品重金屬檢驗分析事項。
（三） 農畜禽水產等產品微生物檢驗分析事項。
（四） 農畜禽水產等產品農藥殘留檢驗分析事項。
（五） 農畜禽水產等產品之毒物等檢驗分析事項。
（六） 飼料及食品添加物等產品檢驗分析事項。
（七） 飼料及食品等產品品質與一般成分等檢驗分析事項。
（八） 分子生物技術檢驗農畜禽水產等產品品質與種源鑑定等事項。
（九） 保健、中藥等產品相關檢驗分析事項。
（十） 配合相關單位辦理農畜禽水產品安全檢驗分析、衛生檢查及其他產品品質改進業務。
（十一） 執行政府及其他單位委託檢驗與補助等事項。
二、研發、驗證、輔導與訓練等業務
（一） 開發與建立相關農畜禽水產品等檢驗方法。
（二） 國內外農畜水產品相關檢驗資訊之蒐集、分析、研判等事項。
（三） 持續與國內外等學術單位合作，以提昇本中心檢驗技術。
（四） 國際實驗室認證業務系統之推動與改善。
（五） 輔導農糧與水產品等相關團體辦理產銷履歷等相關驗證業務。
（六） 協調與輔導畜牧水產等團體建立與執行相關檢驗分析制度事項。
（七） 協助業者訓練品管人員檢驗技術及檢驗資訊之諮詢等業務。
（八） 辦理相關業者檢驗之能力測試等相關事宜。
（九） 執行政府及其他單位委託辦理各項研發、驗證、輔導與訓練等業務。
永續經營組
永續經營組職掌如下：
一、執行禽畜糞堆肥場營運管理與輔導等事項。
二、輔導禽畜糞尿處理及再利用技術與品質改進等事項。
三、推廣禽畜糞堆肥產品及開發國內、外市場通路。
四、輔導畜牧場廢水、異味處理及節水減廢、節能減碳等事項。
五、執行畜牧糞尿水資源化再利用之審核與管考業務。
六、執行畜牧場死廢畜禽輔導及查核等業務。
七、執行畜牧產業團體化製車收受畜牧場死廢畜禽之查核工作。
八、畜牧污染防治設備提升之規劃、引進與管理業務。
九、協助畜牧污染案件之輔導及改善。
十、蒐集及研析國內、外畜牧污染防治技術及法規等業務。
十一、畜牧溫室氣體排放清冊資料之彙整及研析。
十二、其他有關畜牧污染防治業務或中央政府委託及補助事項。
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