水波種畜場係由蕭錦堂先生於1978年成立，迄今已有40年歷史。場區全部依種豬場方向規劃，並於1998年成立人工授精站，為了感念父親(蕭水波先生)白手起家辛苦養育兒女，因此以父親之名為種畜場取名。
水波種畜場以水濂自動化溫控系統讓豬舍擁有獨立空調，配合固定消毒除臭，減少空氣中之病原諒，提供豬隻舒適環境；並藉由統進統出管理方式，專心致力於品種改良，使水波種豬的基因生長繁殖表現能發揮最佳。